Hablando un poco de historia de nuestro convento, diremos que esta iglesia se construyó a principios del siglo XVI. En las Relaciones Topográficas mandadas hacer por el Rey Felipe II en 1575, se dice: "En esta villa de Villamayor solamente hay un monasterio de beatas de la Orden del Señor Santo Domingo, que tienen clausura, en el que habrá hasta doce o trece beatas y que lo fundó Isabel Hernández, "La Guijarra" y que tendrá hasta 50.000 maravedíes de renta poco mas o menos".
Poco a poco el convento, que estaba bajo la advocación de Nuestra Señora del Rosario, fue creciendo y aumentando sus posesiones, bien como dote de las monjas que ingresaban en él, o por donaciones de particulares, como las de Alonso Sánchez Zamorano, que hacia el año 1670, donó una gran cantidad de dinero y varios terrenos labrantíos, a cambio de ser enterrado en el interior de la iglesia del convento. Parte del dinero que se obtenía por las rentas de sus tierras, era prestado por la monjas a particulares, a un bajo interés. Estos préstamos recibían el nombre de "censos".
En el catastro de Ensenada de 1752, también se informa de la existencia en nuestra villa de un convento de monjas de la Orden de Nuestro Padre Santo Domingo.
En 1825, las monjas Dominicas fueron trasladadas al convento de Santa Catalina de Madrid, de la misma Orden Religiosa.
Años mas tarde, en 1836, con la desamortización de Mendizábal, el convento de Villamayor (que se encontraba en ruinas), la huerta y el resto de bienes (unas 200 fanegas de tierra), fueron expropiados y vendidos por el estado, a excepción de su iglesia, que quedó en poder del Obispado de Cuenca, aunque cerrada al culto.
En 1878 se restaura la iglesia y el Ilmo. Sr. Obispo de Cuenca D. José Moreno Mazón, la abre de nuevo al culto después de realizar una procesión desde la iglesia parroquial a la del convento. En su visita, el Sr. Obispo concedió 40 días de indulgencia a quien rezare un Padre Nuestro o Credo delante de la imagen del Stmo. Cristo de la Viga.
Entre 1878 y 1886, se construye un nuevo convento en el solar del antiguo, costeado y donado por D: Mariano de Lezcano Fernández-Patiño y su esposa Dña. María de Cáceres. El 1 de junio de 1886 se instalan en él, monjas Bernardas del Santísimo Sacramento, de clausura, procedentes de Madrid y el nuevo convento queda bajo la advocación de la Inmaculada Concepción. En estas fechas debió de colocarse la ventana y reja que existe en el interior de la iglesia, a un lado del Altar Mayor.
Las monjas Bernardas, permanecieron en Villamayor hasta 1926, que marcharon a Madrid.
En 1927 una nueva congregación llega al convento. Las religiosas Terciarias Franciscanas Hijas de la Misericordia, siendo el primer convento que dicha Orden funda en la península.
En 1936, durante la Guerra Civil, todos los objetos de culto del convento y su iglesia fueron destruidos y quemados, como el retablo del Altar Mayor y otros dos grandes, dorados, de estilo barroco, las ímagenes del Calvario, de Ntra. Sra. del Sagrado Corazón, de Santa Escolástica y de San Bernardo, los cuadros de los Corazones de Jesús y de María, de San Bernardo, de San Agustín, de San Vicente Ferrer y de Santa Catalina de Sena. Así mismo fueron destruidas dos sillerias, una en el coro alto y otra en el coro bajo. El convento fue utilizado de cárcel y su iglesia de granero.
Sabemos que un lienzo importante, representando a la Virgen del Rosario y la batalla de Lepanto (la Virgen del Rosario es la protectora de las tropas cristianas en dicha batalla), se pudo salvar de las llamas en la guerra y permaneció semioculto enrollado entre esteras varios años en el coro alto de la iglesia del convento. Dicho cuadro alrededor del año 1946, lo cambiaron las monjas por los dos cuadros de San Francisco que actualmente se conservan.
La Virgen del Rosario, protectora en la batalla de Lepanto. Iglesia de Santo Domingo, Murcia. Siglo XVII |
En 1946 se pinta de blanco el interior de la iglesia y en años posteriores el convento tiene obras de rehabilitación, siendo algunas de ellas sufragadas por la Hermandad del Stmo. Cristo de la Viga, como las de los años 1963-1967, que aportó 120.000 pts., o en las obras del tejado de 1981 que aportó 600.000 pts.
La iglesia del convento ha sido durante muchos años nuestra parroquia, mientras la iglesia "grande" estaba en obras.